Mars 1560. Jesuiten Don Gonçalo Silveira har seglat till Moçambique med uppdrag att omvända den svarte kejsare vars välde sträckte sig ända till etiopiernas rike.

I vår tid kommer ett afro-amerikanskt par till en byn med biståndspengar i bagaget, men också en dröm om att få återvända till det förlovade hemlandet. Byns invånare ser det dock inte på det sättet utan bestämmer sig för att dra fördel av amerikanernas förhoppningar och iscensätta det ”riktiga Afrika”.

I Sjöjungfruns andra fot korsas nuet med det förflutna, drömmar med verklighet och ifrågasätts många vedertagna uppfattningar om ras och identitet, religion och tradition.